日本一项研究发现，奈良公园的鹿群拥有独立的基因型。奈良周边地区鹿群早在1000多年前就已经灭绝，而奈良公园的鹿依靠人类保护实现了种群延续。

日本福岛大学、山形大学和奈良教育大学1月31日联合发布新闻公报说，这项研究的目的是验证人类活动对梅花鹿的影响。研究人员从包括奈良公园在内的纪伊半岛各地收集了294头梅花鹿的样本并从中提取遗传物质。研究人员解析了从样本中获得的线粒体DNA中的D-loop区域的部分排列，并用“微卫星序列”标记测定了重复序列的长度。

测定结果显示，纪伊半岛的鹿大致可以分为奈良公园、半岛西部和半岛东部三大群体。大约1000多年前，奈良公园的群体从三大群体共同的祖先分离出去。大约500年前，西部和东部两大群体分离。

线粒体DNA数据系统分析结果显示，纪伊半岛的梅花鹿共有18个单倍体基因型，而奈良公园的梅花鹿群都只属于其中的一个单倍体基因型S4，迄今S4未在其他地区的鹿群中得到确认。也就是说，奈良公园的鹿群拥有独立的单倍体基因型。

通过研究可以推定，遗传方面独立性最高的奈良公园鹿群从1000多年前开始就与其他鹿群没有交流。周边地区的鹿群因人类狩猎和开发而灭绝，但是奈良公园的梅花鹿却因为人类的保护而存续下来。这一研究发现对野生动物保护具有重要意义。